Děj Kryptonomikonu se odvíjí souběžně ve dvou časových rovinách: za druhé světové války a na přelomu tisíciletí. V kapitolách ze starší doby vystupuje mimo jiné Lawrence Pritchard Waterhouse, matematický génius, který má za úkol zamaskovat skutečnost, že Spojenci prolomili proslulou německou šifru Enigma. Protagonistou současné linie je Lawrenceův vnuk Randy Waterhouse, programátor a spolutvůrce „datového ráje“ v sultanátu Kinakuta. Oba příběhy ruku v ruce osvětlují dva různé světy, přičemž jeden přímo vyrůstá z vyhraných bitev druhého.
Kryptonomikon je epos naší doby, někdy děsí, často rozesměje, a hlavně chrlí informace ze všech oborů od kryptoanalýzy přes hledání pokladů po správnou metodu konzumace křupek s mlékem. Na jedné úrovni poskytuje strhující a navýsost originální pohled na svět zmítaný válkou. Na druhé jde o provokativní úvahu, jak věda a technika utvářejí a proměňují běh dějin. Autorova nesmírná erudice a stejně mohutná imaginace daly vzniknout jednomu ze zásadních literárních děl moderního věku.