V románu Samuraj rozvíjí Šúsaku Endó téma, kterému věnoval svůj první a nejslavnější román Mlčení. Děj knihy o něco předchází Endóově nejznámější knize a je inspirován skutečnou událostí.
Jeden z japonských místních knížat usiluje o navázání obchodních styků přímo se španělským Mexikem, Novým Španělskem, nechá postavit loď evropského typu a na ní spolu s početnou skupinou obchodníků vyšle čtveřici vyslanců – samurajů. Tito drobní chudí šlechtici si od úspěchu své mise slibují znovuzískání odebraných pozemků, jejich průvodce a tlumočník, španělský františkánský misionář, však usiluje o jejich pokřtění. Japonští vyslanci nakonec křest přijmou, není to však z vnitřního přesvědčení. Jejich výprava stejně nepřinese úspěch, obchodní spojení se nepodaří navázat a v Japonsku mezitím naplno propukne pronásledování křesťanů. Plavba dále do Španělska ani audience u papeže zklamaným vyslancům nic nepřinese, čeká je dlouhá cesta domů a tam namísto odměny výslechy, podezírání a trest.
Střet křesťanské víry a japonské kultury a mentality, jedno z životních témat Šúsakua Endóa, je tentokrát podán z více perspektiv, ne pouze očima evropského misionáře. Ústředními postavami románu jsou samuraj Hasekura Rokuemon a misionář Velasco, jejichž perspektivy se navzájem protínají, aby se v tragickém finále románu protnuly. Samuraj je zároveň intenzivním vnitřním dramatem a výpravnou cestopisnou knihou, která přináší mnoho nečekaných setkání a pohledů, tak jako když obyvatelé mnoha míst Evropy poprvé spatřili vyslance ze vzdálené a exotické země kdesi na Východě.