Děj románu Samuraj předchází Endóově nejslavnější knize Mlčení, vrací se do doby, kdy se křesťanské mise v Japonsku ještě rozvíjely. Jeden z místních knížat usiluje o navázání obchodních styků se Španělskem a španělským Mexikem a vyšle čtveřici drobných šlechticů – samurajů na dalekou cestu. Provázeni ambiciózním františkánským knězem, podniknou dalekou a nebezpečnou cestu, přijmou křest, jen aby po návratu zjistili, že je namísto odměny čeká podezření a trest.